Кургак учуктун диагностикасы жана дары-дармекке туруктуулукту аныктоо үчүн жаңы курал: кургак учуктун гиперсезгичтик диагностикасы үчүн машина үйрөнүү менен айкалышкан жаңы муундун максаттуу ырааттуулугу (tNGS)
Адабият баяндамасы: CCa: tNGS жана машина үйрөнүүсүнө негизделген диагностикалык модель, ал азыраак бактериялык кургак учук жана кургак учук менингиттери бар адамдар үчүн ылайыктуу.
Диссертациянын аталышы: Кургак учукка багытталган кийинки муундун секвенциясы жана машинаны үйрөнүү: өпкө түтүкчөлөрү жана түтүктүү менингит үчүн өтө сезгич диагностикалык стратегия.
Мезгилдүү басылма: 《Clinica Chimica Acta》
IF: 6.5
Жарыяланган датасы: январь 2024
Кытай Илимдер Академиясынын Университети жана Капитал Медикал Университетинин Пекин көкүрөк ооруканасы менен бирге Macro & Micro-Test жаңы муундагы максаттуу секвенирлөө (tNGS) технологиясына жана машинаны үйрөнүү ыкмасына негизделген кургак учуктун диагностикасынын моделин түздү, ал кургак учуктун бир аз бактериялары менен өтө жогорку сезгичтигин жана кургак учуктун менингиттин гиперсезгичтик диагностикасынын жаңы ыкмасын камсыз кылды. кургак учуктун так диагнозун, дары-дармекке туруктуулугун аныктоого жана аны дарылоого жардам берген. Ошол эле учурда бейтаптын плазмасынын cfDNAсы ТБМ диагнозунда клиникалык үлгүлөрдү алуу үчүн ылайыктуу үлгү түрү катары колдонулушу мүмкүн экендиги аныкталган.
Бул изилдөөдө 227 плазманын үлгүлөрү жана жүлүн суюктугунун үлгүлөрү эки клиникалык когортту түзүү үчүн колдонулган, аларда лабораториялык диагностикалык когорттун үлгүлөрү кургак учук диагнозун машиналык окутуу моделин түзүү үчүн колдонулган, ал эми клиникалык диагностикалык когорт үлгүлөрү белгиленген диагностикалык моделди текшерүү үчүн колдонулган. Бардык үлгүлөр биринчи жолу Mycobacterium tuberculosis үчүн атайын иштелип чыккан максаттуу кармоочу зондук бассейн тарабынан багытталган. Андан кийин, TB-tNGS секвенирлөө маалыматтарынын негизинде, чечим дарагынын модели лабораториялык диагностикалык кезектин окутуу жана валидациялык топтомдорунда 5 эсе кайчылаш валидация жүргүзүү үчүн колдонулат жана плазма үлгүлөрүнүн жана жүлүн суюктугунун үлгүлөрүнүн диагностикалык босоголору алынат. Алынган босого аныктоо үчүн клиникалык диагностикалык кезектин эки тесттик топтомуна киргизилет жана окуучунун диагностикалык көрсөткүчтөрү ROC ийри сызыгы менен бааланат. Акырында кургак учуктун диагностикалык модели алынды.
1-сүрөт изилдөө долбоорунун схемалык схемасы
Натыйжалар: Бул изилдөөдө аныкталган CSF ДНК үлгүсүнүн (AUC = 0,974) жана плазманын cfDNA үлгүсүнүн (AUC = 0,908) спецификалык босогосуна ылайык, 227 үлгүнүн арасында CSF үлгүсүнүн сезгичтиги 97,01%, өзгөчөлүгү 95,65%, сезгичтиги жана плазма2 үлгүсүнүн спецификасы18 болгон. 86,36%. TBM бейтаптарынын 44 жупташкан плазма cfDNA жана мээ жүлүн суюктугу ДНК үлгүлөрүн талдоодо, бул изилдөөнүн диагностикалык стратегиясы плазманын cfDNA жана жүлүн суюктугу ДНКсында 90,91% (40/44) жогорку ырааттуулукка ээ жана сезгичтиги 95,45% (42/42). Өпкө кургак учугу менен ооруган балдарда бул изилдөөнүн диагностикалык стратегиясы ошол эле бейтаптардан алынган ашказан ширесинин үлгүлөрүнүн Xpert аныктоо натыйжаларына караганда плазма үлгүлөрүнө көбүрөөк сезгич келет (28,57% VS 15,38%).
2-сүрөт. Популяциянын үлгүлөрү үчүн кургак учуктун диагностикасынын моделин талдоо
Сүрөт 3 Жупташкан үлгүлөрдүн диагностикалык натыйжалары
Корутунду: Бул изилдөөдө кургак учуктун гиперсезгичтүү диагностикалык ыкмасы түзүлдү, ал олигобацилярдык кургак учук менен (терс маданият) клиникалык бейтаптар үчүн эң жогорку аныктоо сезгичтиги менен диагностикалык куралды бере алат. Плазмадагы cfDNA негизинде өтө сезгич туберкулезди аныктоо активдүү кургак учуктун жана кургак учук менингитинин диагностикасы үчүн ылайыктуу үлгү түрү болушу мүмкүн (мээнин кургак учугуна шектелген бейтаптар үчүн жүлүн суюктугуна караганда плазманын үлгүлөрүн чогултуу оңой).
Түпнуска шилтеме: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? %3Dihub аркылуу
Макро жана микро-тест кургак учукту аныктоочу өнүмдөрдүн кыскача киришүүсү
Кургак учук менен ооруган бейтаптардын тандалма абалынын татаалдыгын жана ар кандай муктаждыктарын эске алуу менен, Макро & Микро-Тест какырыктын үлгүлөрүнөн суюлтулган экстракция, Qualcomm китепканасын куруу жана секвенирлөө жана маалыматтарды талдоо үчүн NGS чечимдеринин толук топтомун камсыз кылат. Продукциялар кургак учук менен ооругандарды тез диагностикалоо, кургак учуктун дары-дармекке туруктуулугун аныктоо, кургак учук микобактериясын жана NTM типтерин аныктоо, кургак учуктун бактериясы-терс жана кургак учук менен ооруган адамдардын жогорку сезгичтигин диагностикалоо ж.б.
Кургак учук жана микобактерияларды аныктоочу топтомдор:
| Элемент № | продукт аты | продукт сыноо мазмуну | үлгү түрү | колдонулуучу модель |
| HWTS-3012 | Үлгү чыгаруу агенти | Какырыктын үлгүлөрүн суюлтууда дарылоодо колдонулган, биринчи класстагы рекорддук номерге ээ болгон Sutong Machinery Equipment 20230047. | какырык | |
| HWTS-NGS-P00021 | Жогорку сезгич кургак учук үчүн Qualcomm санын аныктоо комплекти (зондду тартуу ыкмасы) | Бактерия-терс өпкө кургак учук жана мээ түйүндөрүнүн үчүн инвазивдик эмес (суюктук биопсиясы) гиперсезгичтикти аныктоо; Кургак учук же кургак учуктан башка микобактерияларды жуктурган деп шектелген адамдардын үлгүлөрү жогорку тереңдиктеги секвенирлөөнүн метагеномикасы менен талданды, кургак учук же кургак учуктан башка микобактериялар жуккан же жуктурбаганын аныктоо маалыматы жана кургак учук микобактериясынын негизги биринчи катардагы дарыга туруктуулугу жөнүндө маалымат берилди. | Перифериялык кан, альвеолаларды жууган суюктук, гидроторакс жана асцит, фокус пункция үлгүсү, жүлүн суюктугу. | Экинчи муун |
| HWTS-NGS-T001 | Микобактерияларды терүү жана дарыга туруктуулукту аныктоо комплекти (мультиплекстүү күчөтүү секвенирлөө ыкмасы) | Микобактерияларды терүү тести, анын ичинде MTBC жана 187 NTM；Кургак учук микобактериясынын дарыга туруктуулугун аныктоо 13 дары-дармекти жана дары-дармекке туруктуу гендердин 16 мутациясынын негизги жерлерин камтыйт. | Какырык, альвеолаларды жууган суюктук, гидроторакс жана асцит, фокус пункция үлгүсү, жүлүн суюктугу. | Экинчи/үчүнчү муундагы кош платформа |
Негизги учурлар: HWTS-NGS-T001 Микобактерияларды терүү жана дарыга туруктуулукту аныктоочу комплект (мультиплекстүү күчөтүү ыкмасы)
Продукт менен тааныштыруу
Продукт кургак учукту дарылоо боюнча ДССУнун көрсөтмөлөрүндө сүрөттөлгөн негизги биринчи жана экинчи катардагы препараттарга, макролиддерге жана аминогликозиддерге негизделген, ал эми дары-дармекке туруктуулук сайттары ДСУнун Mycobacterium tuberculosis комплексинин мутация каталогундагы дарыга туруктуулук менен байланышкан сайттардын бардык бир тобун камтыйт, ошондой эле гендердин мутацияга жана гендердин жогорку резиденттүүлүгүн изилдөөгө ылайык. ата мекендеги жана чет елкелердегу адабияттар.
Терүү идентификациясы Кытай кургак учук жана респиратордук оорулар журналы тарабынан жарыяланган NTM көрсөтмөлөрүндө жалпыланган NTM штаммдарына жана эксперттердин консенсусуна негизделген. Конструкцияланган терүү праймерлери 190дон ашык NTM түрүн күчөтүп, ырааттуулук менен түшүндүрө алат.
Максаттуу мультиплекстик ПТР күчөтүү технологиясы аркылуу микобактериянын генотиптөөчү гендери жана дары-дармекке туруктуу гендери мультиплекстик ПТР менен күчөтүлгөн жана аныктала турган максаттуу гендердин ампликондук айкалышы алынган. Күчөтүлгөн өнүмдөрдү экинчи муундагы же үчүнчү муундагы жогорку өтүмдүү секвенирлөө китепканаларына курууга болот жана бардык экинчи муундагы жана үчүнчү муундагы секвенирлөө платформалары максаттуу гендердин ырааттуулугун алуу үчүн жогорку тереңдиктеги секвенирлөөдөн өтүшү мүмкүн. Түзүлгөн маалымдама базасында камтылган белгилүү мутациялар менен салыштырып (анын ичинде WHO Mycobacterium tuberculosis комплекстүү мутациялар каталогу жана анын дары-дармекке туруктуулук менен байланышы) кургак учукка каршы препараттардын дарыга туруктуулугуна же сезгичтигине байланыштуу мутациялар аныкталган. Macro & Micro-Testтин өз алдынча ачылган какырык үлгүсүн дарылоо эритмеси менен айкалышып, какырыктын клиникалык үлгүлөрүнүн нуклеиндик кислотаны күчөтүү эффективдүүлүгүнүн төмөн маселеси (салттуу методдордон он эсе жогору) чечилди, ошентип дарыга туруктуулукту секвенирлөө аныктоону түздөн-түз клиникалык какырыктын үлгүлөрүнө колдонууга болот.
Продукцияны аныктоо диапазону
34дарыга туруктуу гендер18кургак учукка каршы дарылар жана6жаап, НТМ баңгизаты аныкталган297дары-дармекке туруктуулук жайлар; Туберкулез микобактериясынын он түрү жана андан көп190NTM түрлөрү аныкталган.
1-таблица: 18+6+190+НТМ боюнча маалымат
Продукциянын артыкчылыгы
Күчтүү клиникалык адаптация: какырыктын үлгүлөрүн маданиятсыз өзүн-өзү суюлтуучу агент менен түздөн-түз аныктоого болот.
Эксперименттик операция жөнөкөй: күчөтүү операциясынын биринчи айлампасы жөнөкөй, китепкананын курулушу 3 саатта бүтөт, бул иштин натыйжалуулугун жогорулатат.
Комплекстүү терүү жана дары-дармекке туруктуулук: клиникалык тынчсыздануунун негизги пункттары болгон MTB жана NTM терүү жана дарыга туруктуулук сайттарын камтуу, так терүү жана дарыга туруктуулукту аныктоо, көз карандысыз анализдик программалык камсыздоону колдоо жана бир чыкылдатуу менен талдоо отчетторун түзүү.
Шайкештик: продукттун шайкештиги, негизги ILM жана MGI/ONT платформаларына ылайыкташуу.
Продукт спецификациясы
| Продукт коду | продукт аты | аныктоо платформасы | спецификациялар |
| HWTS-NGS-T001 | Микобактерияларды терүү жана дарыга туруктуулукту аныктоо комплекти (мультиплекстүү күчөтүү ыкмасы) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Посттун убактысы: 23-январь-2024